徐州生物工程职业技术学院是江苏省生物工程类专业建设牵头单位，生物工程系始建于2003年，是院重点建设的品牌系部，曾荣获江苏省五四红旗团总支，徐州市五一劳动奖状、徐州市先进基层党组织等荣誉称号。自2008年学院实施系部考核以来一直蝉联系部年度考核首位。
现有专任教师50人，其中教授2人，副教授29人，清华大学博士后1人，博士2人，硕士27人；高级工程师2人，执业药师7人；全国农业棋牌网页游戏平台 名师1人，院教学名师3人，食品生产许可证国家注册审查员4人，江苏省“333工程”培养对象3人，江苏省“青蓝工程”骨干教师4人，江苏省食品安全标准审评专家3人，徐州市优秀专家1人、拔尖人才3人，徐州市食品生产许可现场审查组长4人，徐州市食品安全风险评估专家3人；国家职业技能大赛裁判员2人,国家职业技能鉴定高级考评员5人，考评员12人。在校学生1200余人。
拥有生物技术、制药工程、食品工程、食品药品检测等四大实训中心、42个实训室。2014年以来，先后获批“徐州市生物制药工程技术研究中心”“徐州市药物检验工程技术研究中心”“徐州市现代生物技术研究中心”“徐州市生物制药与废弃物综合利用研究中心”等4个市级工程技术研究中心。今麦郎食品（嘉兴）有限公司每年出资2万元用于建设企业冠名实训室“今麦郎实训室”，徐州莱雀生物科技有限公司出资9万元，在学校挂牌成立了“谷物及坚果粉类产品研发联合实验室”。与吉林生物研究院有限公司徐州分公司共建“生物医药研发中心”。
现开设药学、生物制药技术、食品药品监督管理、药品生物技术、食品质量与安全、药品质量与安全、药品生产技术、药物制剂技术8个三年制大专专业和食品生物技术、药品生物技术、药品生产技术3个五年制高职专业，其中生物制药技术专业是牵头服务徐州“四大千亿元产业”重点专业，生物技术及应用专业群是江苏省重点专业群，药品生物技术、食品生物技术专业为徐州市特需领办专业。
与江苏恩华药业、万邦生化医药、徐州医科大学附属医院、广济连锁药店、益丰大药房、维维集团、绿健乳业、青岛啤酒、扬子江药业、恒瑞药业、康缘药业、豪森药业、正大天晴、信达生物制药、苏州二叶等80多家企业建立了稳定的校企合作关系，一次就业率99%以上，对口就业率97%。
与扬州大学联合举办生物技术专业“专接本”本科班，与南京医科大学联合举办药学专业“专接本”本科班，三年制大专学生在校连读四年、五年制高职学生在校连读六年均可获得本科学历和学士学位。经过十多年的发展和积淀，生物工程系已成为我院办学规模最大、师资力量最强、实训条件最优、发展前景最好的系部之一。
