动物科学系是温州科技职业学院的主干教学系部之一。拥有畜牧兽医类四大专业实验中心和宠物医院，畜牧兽医、动物医学临床应用诊疗仪器设备和分析化验设备先进精良，在满足教育教学、实训和科研的同时，面向社会生产、技术和科研服务。
在有关部门的支持下，动物疾病控制中心为温州市规模猪场提供阶段性和经常性的免疫监控和监测，保证了温州养猪业的健康发展，开创了浙江省畜牧兽医技术服务的先河。动物科学系拥有动物品种多样的综合畜牧场，种鸡场和与之配套的孵化厂、饲料加工车间、现代化动物医院及兽药生产与检测实验室等校内实训基地，完全满足专业学生在校内的专业实习实训。拥有温州基地生猪产销合作社、乐清绿雁家禽合作社、藤桥民鑫畜禽专业合作社、温州康利饲料兽药有限公司、温州动物园、温州白云山农业观光园等门类齐全而稳定充足的动物医学、养殖企业、生物制品企业等实训基地，完全满足师生实践教学、科学研究和对农民进行专业技术培训需要，同时，为学生提供了有利的就业机会。
动物科学系以培养综合素质高、实践能力强，“下得去、留得住、用得上”的学生为目标，在省市畜牧兽医局的指导下，积极适应浙江地区经济发展的需要，面向生产、服务、管理第一线，致力培养中高级技术型应用型畜牧兽医类专门人才。
