福建卫生职业技术学院药学系是福建省最早的药学人才培养基地，有50多年的办学历史，具有雄厚的师资力量和先进完善的教学设施。自1978年开始在福建省率先开办药学大专班，1983年起与中国药科大学合作开办专科、本科药学函授教育。
目前，药学系开设有药学、医药营销、药物制剂技术、药物分析技术、生物制药技术等五个专业。设有药剂与药品经营管理教研室、药分教研室、中药教研室、药化教研室、药理教研室、新药药理研究中心和食品药品研究所。现有教职工49人，其中专任教师共37名，其中副教授（含高讲）19人，占总数51.4%；讲师6人，占总数16.2%；具有硕士以上学位教师13人，硕士以上学位占总数35.1%。具有双师素质的有15人，占总数40.5%。兼职教师18人，其中，高级职称11人，占总数61.11％。几年来完成多项课题研究，有8人主编或参编国家规划教材，每年有数十篇论文在各级各类刊物发表，药剂学、药理被评为省级精品课程，药学专业被评为省级精品专业；同时药学专业教学团队被评为省级教学团队。
药学系拥有一座占地1400平方米的五层楼系馆，设有药剂、药分、药化、药理、中药鉴定和化学等各类实验（实训）室17间。近年来，药学系积极推进实践教学体系改革，加强学生职业技能、实践能力的培养，目前已建成并投入使用的有：占地1009平方米的药物制剂实训车间，装备有制备片剂、胶囊剂、注射剂等各种剂型的大型制药机械设备；精密仪器中心，配备有高效液相仪、气相色谱仪、紫外分光光度计等精密仪器，可用于各种剂型的质量检测；中药标本室，收藏数千种动植物标本以及模拟药房、静脉药物配置中心和SPF级屏障系统动物实验室；另外，占地10亩的药用植物园正在兴建中;药学实训基地为中央财政支持实训基地。药学系先进的教学设施能满足药学专业各课程的实验实训教学需要以及开展科研工作的需要。
“厚德、博学、求实、勤奋”是药学系的精神，团结合作、爱岗敬业是药学系的优良传统，为国家培养具有扎实的专业理论知识和较强专业实践操作技能，能在各级医疗机构、药品生产企业、药品经营企业等从事药品生产、药品调剂、药品质量检测、药品营销及化妆品、保健品质量检测等工作的药学高素质技能型专业人才是药学系办学的目标。药学系全体教职员工将继续开拓进取，在教学和科研中做出更大成绩，为福建省药学事业的发展做出新的贡献。
