智能工程系是建校以来历史最为悠久的院系之一，前身为电子与电气工程系，成立于2003年，现设有医疗器械维护与管理（国家高等棋牌网页游戏平台 创新发展行动计划骨干专业）、机电一体化技术（省级特色专业）、电气自动化技术（省教改示范专业）、工业机器人技术、汽车智能技术等五个专业。
智能工程系现有专任教师26人，其中，70%以上教师具有硕士学位，1位具有博士学位，7位副教授，安徽省优秀教师1人，市级优秀教师2人，校级专业带头人3人，70%以上教师为“双师型”教师。为亳州市职教联盟培训基地，亳州市“电工”中级工、高级工、技师、高级技师培训鉴定基地。校内实践教学场地3600平方米，实践教学设备总值逾1300万元，“医用电子仪器实训中心”为省级示范性实训基地。
智能工程系历来重视校企合作，工学结合，与安徽及长三角地区智能制造行业企业建立校外实习基地数十个。与古井集团、亳州洁能电力有限公司、中联重科集团（亳州产业园）、亳州本地药企、亳州本地汽车4S店、亳州人民医院、华佗（亳州）中医院等亳州本地企事业单位建立了长期稳定的合作关系，为亳州地方经济发展培养了大批高素质、技能型人才。
智能工程系注重学生专业基础、创新能力和实践技能、职业素质的培养，注重教学质量的控制及良好学风的建立，学生在全国职业院校技能大赛获团体二等奖3队次，三等奖1队次、安徽省职业院校技能大赛团体一等奖2队次、二等奖7队次，三等奖11队次，安徽省大学生电子设计大赛等省级赛事团体二等奖5队次，三等奖5队次。每届毕业生均供不应求，一次就业率均在98％以上。15年来，培养5000余名毕业生，涌现出一批企业技术骨干、中高层管理者、创业典型，有着广泛的社会影响力。
2014年，学院与合肥工业大学合作开展机电一体化工程“自考本科”，面向全日制专科在校学生，开展本科段自考助学，使我校学生在取得专科学历的同时，还可获得本科学历。
