农业经济管理系是浙江农业商贸职业学院的特色建设系，2015年，农业经济管理系紧紧围绕学院“以农为本、以商为重”，省内一流、系统领先、特色鲜明的高职院校的办学定位，以迎接教育部人才培养工作评估 “回头看”检查和建设全国供销合作总社示范高职院校为中心，以提高人才培养质量为关键，以塑造学生“三农”情怀为抓手，深化教育教学改革，重点加强实践教学体系、课程和师资队伍等的建设，深化校企合作机制，促进内涵发展，确保高质量通过，进一步提升了全系的综合能力。
农业经济管理系设有合作社经营管理教研室、电子商务教研室、绿色食品生产与经营教研室、合作社教育研究中心和学院“三农”问题研究中心等教学研究机构。绍兴市大学生电子商务竞赛基地、绍兴市“三农”问题研究中心挂靠农业经济管理系。
农业经济管理系现有合作社经营管理、电子商务、绿色食品生产与经营和茶叶生产加工技术等4个高职专业，其中，合作社经营管理为中央财政重点支持专业。2015年申报茶艺与茶叶营销专业。农业经济管理系拥有省市级精品课程5门，其中，《农产品经纪人》为全国供销总社精品课程、《管理实务》为省级精品课程、《合作社经济》为绍兴市精品课程、《电子商务概论》为院级精品课程。
农业经济管理系现有教师35人，其中教授1人、副教授5人、讲师7人，博士学位教师1人、硕士学位教师17人、在读博士1人，是一支结构合理、业务强、教学水平高的师资队伍。
农业经济管理系建有合作社综合实训室、合作社经营沙盘、农产品营销实验室、电子商务综合实训室、绿色食品生产与检测综合实训室、茶艺实训室、茶叶加工实训室等7个校内实训基地，以及丰岛集团等18家校外实习基地。
