黑龙江流域历史文化研究所成立于2003年10月，是黑河学院首批组建的四个研究所之一。
经过8年的建设，如今已拥有校内专兼职研究人员12名，其中教授4人，拥有研究生以上学历者9名。另在东北范围内聘请兼职教授、研究员9名，包括博士生导师3名。
在研究所成立之初，就确定了“立足区域历史文化研究、服务地方经济文化建设、促进中俄区域合作、引领区域文化方向”的发展定位。
该研究所主要是以黑龙江流域的历史文化为研究对象，有步骤地展开对黑龙江流域历史文化与现状的全面研究。重点研究方向是利用地缘优势，侧重二十世纪以来中俄两国共同开发黑龙江流域的历史与文化研究。目前已初步形成“中俄界江文化研究”、“中俄跨界民族研究”、“中国黑龙江俄侨及俄罗斯族研究”、“中俄黑龙江沿岸近现代移民比较研究”、“五大连池旅游文化研究”、“伪满史及日本侵略黑龙江流域史研究”、“黑龙江知青文化研究”等7个研究重点。
