2007年6月，由海峡两岸（三明）现代林业合作实验区与三明学院共同创办的闽台林业研究所正式挂牌成立。闽台林业研究所的成立，是三明市贯彻落实省委、省政府关于“大力推进三明海峡两岸（三明）现代林业合作实验区建设,允许实验区在政策、体制、机制上探索和创新,逐步将实验区建设成为全国林业对台交流合作的示范窗口”要求，深化明台两地林业科技交流与合作，加快融入海西建设的新举措，标志着三明市对台交流与合作提高到一个新的层次，为实验区和三明市现代林业建设带来新的机遇。
一、研究所的宗旨
以扩大海峡两岸林业科技合作与交流为原则，根据国内外林业科技发展的总体趋势与三明市国民经济和社会发展的战略部署，立足三明林业的特色和优势，借鉴台湾林业发展的先进经验，致力于生物多样性保护、苗木繁育和引种、林业资源开发利用、森林经济经营管理、林业产业结构调整、森林旅游开发等多领域，开展多层次、多角度、多学科的应用研究，探索具有三明特色的林业发展、经营管理和营销推广的路子，服务三明林业，促进学院产学研结合和科研成果转化，促进三明林业的产业化、现代化和可持续发展。
二、研究所的主要任务
1、闽台林木优良种质资源的引种驯化和推广
2、台湾优良经济林、果树的引种栽培和推广
3、闽台林业科技合作与交流
4、林木遗传育种的研究
5、生物制剂和中成药的研究
6、森林资源经营管理研究
7、森林生态旅游规划和开发
8、林产品加工、利用、营销研究
9、林业科技人员培训
三、研究所的机构设置
研究所设立管理委员会，负责对研究所工作的全面领导，主任、副主任分别由三明学院和实验区领导担任，成员由实验区科技开发园区成员单位领导组成。设立学术委员会，侧重指导研究所的科研学术工作，由双方主要领导、专家学者等科研人员组成。研究所下设四个研究室和一个中心：林木遗传育种研究室、生物化学研究室、林业推广与产品加工营销室、森林管理信息与旅游规划室和科技交流培训中心。
