创新药物研究与设计省部共建教育部重点实验室2005年4月由教育部批准组建，依托单位为沈阳药科大学。拥有实验室面积4000余平方米，拥有较先进的实验设备，固定资产总值约2500万元。
实验室有固定研究人员50人，其中院士1人,教授24人，副教授14人；博士生导师21人，硕士生导师12人。目前设有药学博士后流动站1个；药学和中药学2个一级学科博士授权点；合成药物化学、天然药物化学、生药学等10个二级学科博士点，读博士研究生96人，在读硕士研究生522人，在站博士后3人。
重点实验室设有“合成药物研究室”、“天然药物研究室”、“分析测试中心”、“计算机辅助药物设计研究室、 “药学文献、情报研究室”5个研究室。设学术委员和综合办公室两个办公机构。另外与国内外研究机构、大学建立3个国际合作研究室和2个国内合作研究室。
实验室自组建以来参照国际先进的药物开发实验室的运行模式，围绕着国家创新药物研究的战略要求和国际新药研发的前沿，紧密结合地方经济建设的需要确立了自己的主要研究方向为：①针对重大疾病的创新药物研究；②天然活性物质的全合成及其结构改造研究；③组合化学和绿色化学在新药研究中的应用研究； ④化合物库的建立与发展和化学信息学研究；⑤ 非专利药物合成工艺产业化研究。
目前实验室形成了以姚新生院士领衔，程卯生等教授为核心，由众多年富力强，综合能力出众的教授、副教授、讲师组成的创新药物研究群体，在创新药物研究，人才培养等方面处于国内同学科的领先地位，部分研究工作达到了国际先进水平，在国内外有较大的学术影响力。
实验室目前承担国家“863”计划项目和国家重大专项30项，国家自然科学基金项目15项；省部级研究项目106项；各级科研项目累计获得经费资助5760万元；横向课题签约108项，已实现科研成果转化金额3000余万元；
研究成果获国家级奖励2项，省部级奖励18项，市级奖励12项，获国内外专利证书53个，新药证书2个，新药临床批件21个。发表科研论文1240余篇，其中SCI文章420余篇；出版学术专著和教材60余本。已培养博士、硕士研究生800余人。
实验室将秉承“团结、开放、求实，创新”的方针”的方针，围绕国民经济和社会发展的重大需求，以开展创新性研究，获得具有自主知识产权的研究成果为己任，为建成“国内一流、国际有影响”的新药研发的技术平台和新药研发的技术储备库，提高我国在本领域的国际竞争力，为国民经济建设和社会发展做出重要贡献而努力。
