山东省微生物工程重点实验室依托山东轻工业学院发酵工程省级重点学科而建立，山东轻工业学院1978年设立工业发酵本科专业，1998年发酵工程成为硕士学位授予权专业，2005年成为省级重点学科。目前实验室下设现代酿酒技术、微生物酶技术、生物制药技术三个子方向，已经成为山东省发酵行业的技术中心，为山东省乃至全国培养了大批专业技术人才。实验室出版学术著作7 部，在国内外重要学术期刊发表论文235 篇。实验室科研成果获得省部级科研奖励10项，厅级奖励6 项；国家科技进步二等奖一项，研究水平位于全国同类研究领域中的先进行列。 本实验室现有固定和流动研究人员50余名，其中教授和研究员17名，博士24 名，山东省有突出贡献的中青年专家2 名，山东省富民兴鲁劳动奖章获得者1名。实验室现有科研用房4400平方米,拥有较为齐全的科研仪器设备，并拥有啤酒、氨基酸、有机酸、抗生素、发酵乳品等中试研究系统。在科学研究领域，近年来承担了国家、省部级科研项目二十余项，取得了多项较有影响的科研成果；实验室利用人才与设备优势，积极为山东省经济社会发展服务，发展产学研合作研究，近三年来，共承担横向课题30余项，项目经费1800多万元，项目实施后产生了显著的经济和社会效益。
