软件工程系创建于2002年，是深圳信息职业技术学院试办国家级示范性软件职业技术学院的核心骨干系部。软件工程系现有两大专业群，涵盖了软件技术、游戏软件、嵌入式技术与应用、计算机网络技术、网络系统管理和信息安全技术等7个专业共计11个方向。
其中软件技术专业2006年4月被评为广东省示范性建设专业，游戏软件专业、嵌入式技术与应用专业和软件测试技术专业是广东省的首批批准招生的专业。
软件工程系现有专任教师42名，其中教授3人，副教授/高级工程师16人，90%的教师具备硕士以上学位，拥有博士/博士后学位教师14人。80%以上教师具有企业经验或项目开发经验，拥有“双师”证书。建系8年来，软件工程系教师累计1项国家级科研项目、省级课题3项、市级课题8项、院级课题20余项。公开发表论文近100篇，申请国家发明专利1项、实用新型专利1项、获取省级奖励1项。软件工程系教师主编并公开出版的具有高职特色的教材6本，其中3本被列入国家级项目。
软件工程系建成了具有国内领先水平的专业实训室和实训基地，配套专业实训室有18个，签约的院外实训基地30余家，接受企业订单开展的定向培养生累计超过100余名。软件工程系高度重视教育资源引进，引进了包括RGDC、微软、甲骨文（Oracle）等国内外知名软件公司等的教学资源，极大地提升学生的职业竞争力。依托校内外资源与国内外知名企业合作，开办了“甲骨文学院”、“华为3Com网络技术学院”和“思科网络技术学院”。软件工程系同时也是广东省计算机专业技术资格和水平考试授权考点和广东省Linux公共服务技术支持中心授权培训认证点。
软件工程系积极探索高职教育教学模式，“以学生为主体，以教师为主导”进行教学改革与教学研究，已取得了优异的成绩。2006年，“个体软件过程”课程被列入国家级精品课程建设项目；2007年，“Java软件项目(B/S架构)开发”课程被列为广东省精品课程建设项目；2008年，“3D网络游戏开发实践” 被列入国家级精品课程建设项目。以高阳科技的“订单式培养”和富士康科技SIDC的“2+1”工学结合人才培养为代表，积极开展“校企联合人才培养教学改革”，并形成了自己的独具特色优势。
本着“以赛促学”、“以证促改”的精神，软件工程系积极组织和鼓励师生参与各类竞赛和考取高水平证书。目前有2位教师、6位学生通过了国际顶级的CCIE认证。软件工程系学生先后参加了广东省“高校杯” 软件设计大赛、深圳文博会大学生软件电子设计大赛、全国大学生数学建模竞赛等社会各种专业大赛，多次在省级以上的软件设计大赛上取得优异成绩。2007年，4名软件专业学生在“Oracle Academy全球数据建模竞赛”中获得全球第六亚洲第一的好成绩。
软件工程系的人才培养效果显著，培养的毕业生深受企业欢迎，就业率每年都保持在98%以上，毕业生遍及中兴、化为、富士康、腾讯、易思博、高阳等知名企业和各大金融机构。
